积极推进水生态保护与水环境治理领域的科技创新，围绕国家与水利部在水生态保护与修复方面的战略发展需求，在水利工程对生态与环境影响分析及评价、生态影响补偿机制与对策研究，河流、湖泊、水库、湿地生态保护与治理，生态水利工程，珍稀濒危水生动物保护、生物多样性保护等领域开展产、学、研、用等一系列相关研究与合作。
为国家水生态保护与水环境治理行业搭建国内外资源对接、交流合作的平台，组织举办论坛交流、专题研讨、展览和展示等推介活动，分享先进技术与典型案例，促进“产、学、研、用”多元化、多层次的思想碰撞。
组织制定并颁布团体标准，推进行业诚信体系建设，建立健全行业自律机制，促进水生态保护与水环境治理相关企事业单位履行社会责任，反映企业诉求，维护会员的合法权益，维护行业内的公平竞争。
按规定组织开展全国优秀水利企业、企业家表彰，总结、鉴定、评价和推广企业科技创新与管理创新成果。
承接水生态保护与水环境治理重大向题决策的科学认证、决策咨询、科技评价等职能任务，接受项目评估、成果鉴定工作，提供水生态与水环境领域的技术咨询，技术开发和技术服务。
承担水环境治理企业资质、从业人员（执业、职业）资格管理和有关专业技术人员培训等工作。
承担政府和上级主管部门委托的其他业务。
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